Le principe du traitement biologique repose sur une idée simple : l'utilisation des bactéries qui sont les principaux acteurs du processus naturel de biodégradation. 

En effet, au cours de l'évolution les espèces bactériennes ont dû s'adapter pour survivre sur les substrats les plus divers.

  - une espèce sera capable de croitre dans un milieu contenant des hydrocarbures,

  - une seconde utilisera les graisses comme principale source alimentaire,

  - une troisième découpera des molécules polymères complexes pour fabriquer ses propres composants.

  - une autre encore puisera son énergie dans la dégradation des produits phénoliques ou cyanurés, etc.

Chaque espèce bactérienne peut être spécifique d'un produit polluant qu'elle va décomposer en molécules simples et inoffensives, telles que l'eau et le gaz carbonique.

Les bactéries présentant ces propriétés particulières ont donc été prélevées dans la nature, puis sélectionnées et mises en cultures. Afin de les rendre utilisables de façon pratique, elles sont séchées, puis mélangées à des nutriments et des supports minéraux.